Sur la base des avis scientifiques du CS et d'opportunité du CO, des propositions déposées aux APR sont sélectionnées et contractualisées.

Le déroulement de chaque projet est suivi par un comité de pilotage auquel participe notamment un tuteur choisi parmi les membres du CS et un représentant du ministère chargé de l'écologie ou de l'ADEME.

Le rapport final est expertisé avant que les résultats scientifiques ne soient valorisés à l'occasion de colloques à destination des utilisateurs opérationnels, dans des plaquettes de synthèse, des recueils de résumés et sur les sites web du programme PRIMEQUAL et e l'ADEME.